“南水北调”工程实施后，我国北方水资源短缺的局面得到有效缓解，为区域经济社会发展提供了基本保障；有效遏制了因缺水导致的生态恶化，有利于改善气候条件，保护湿地和生物多样性；有利于地下水的恢复，减缓地面沉降；缓解城乡争水、行业争水、地区争水的矛盾，促进社会稳定，改善投资环境。
对于水资源调出区来说，由于长江径流量的减少，减轻了洪涝灾害，但可能会提高河口区的盐度，进而影响到当地的水质；一部分江段泥沙淤积增加，阻碍航道通行。对于沿线地区来说，能够缓解供水紧张的局面，但可能导致地下水位上升，引发次生盐碱化。这些问题已经引起国家充分的重视，并采取了相应的防范措施。
