城镇化水平仍比较低：尽管阜新城镇化水平稳步提升，但仍低于辽宁平均水平。
产业结构仍不尽合理：阜新产业结构还处于工业化发展初级阶段，附加值较低的第一产业占地区生产总值的比重很大，而附加值较高的第二和第二产业占地区生产总值的比重较小，产业结构仍不尽合理。
农村经济发展滞后：2005-2014年，阜新固定资产投资，大约有80%投给了城市，只有20%投给了农村，造成城市经济的发展速度领先于农村;另外，阜新城乡居民人均可支配收入的差距十年间增大了三倍，农村居民收入增长缓慢，直接抑制了农村居民消费水平的提高，对农村经济发展产生了明显的制约作用。
生态环境问题依然存在：尽管努力进行环境修复，但阜新矿区的环境破坏程度较深，加上现有工业企业造成的污染，以及大量生活污水和烟尘的排放，阜新生态环境的修复仍需较长时间。