资源跨区域调配，往往工程量浩大，建设周期长，需要投入大量的人力、物力、资金和技术，对资源调出区、资源调入区以及调配工程沿线，都会产生不同程度的影响。资源跨区域调配的空间布局，需要重点考虑的因素包括：可靠的资源供给，资源调配线路造价，沿线的自然地理和人文经济状况，可能引发的生态环境问题。
对资源调出区而言，可将资源优势转变为产业优势和经济效益，促进当地经济社会的发展，形成优势产业集群和大型产业基地。同时，也面临着资源减少、环境破坏、原材料经济占比高、产业层次偏低等问题。
对资源调入区而言，资源跨区域调配缓解了当地资源短缺的问题，促进了经济社会的可持续发展，为当地发展提供了资源支撑；
但也可能引发一些生态环境问题。对沿线区而言，不同类型的资源跨区域调配，因资源运输载体、管道线路、工程规模以及施工方式的不同，所产生的影响也有较大差异。一般而言，运输线路长、规模大、施工方式多样、地貌类型复杂、生态环境脆弱的地区，水土保持等生态环境保护与建设工作非常重要。