尼罗河是一条国际性河流，尼罗河流域国家都属发展中国家，面临着人口增长与贫困等多重压力，对水资源的需求与日俱增，于是流域内各国加快了对尼罗河的开发与利用。上游、中游、下游国家在水资源使用方面的矛盾不断凸显，同时也产生了许多不可忽视的问题。
尼罗河上游、中游、下游地区开发中出现的问题主要表现在：上游地区过度用水与捕捞，导致生物多样性减少，也影响到下游地区的供水。上游、中游地区毁林开荒，导致旱涝灾害加剧，河流含沙量增多，造成水库泥沙淤积等。下游地区过度灌溉导致土壤盐碱化加剧，工业的发展导致污染严重等。
