长江是中华民族的生命河。长江流域建设必须坚持生态优先、绿色发展，共抓大保护，不搞大开发，走出一条绿色低碳循环发展的道路。长江生态环境只能优化、不能恶化，涉及长江的一切经济活动都要以不破坏生态环境为前提，要把修复长江生态环境摆在首要位置。只有在保护生态的条件下，有序推进长江流域的发展，才是一条真正可持续的绿色发展之路。
长江流域水质状况整体良好，但局部污染严重，部分湖泊富营养化问题突出。造成长江流域局部污染严重的根源在于排污。随着工业化、城镇化的快速推进，加之全球气候变化影响，流域内洪涝灾害频繁，水资源供需矛盾加剧，水生态环境恶化，已经成为制约流域可持续发展的突出“瓶颈”。目前，长江流域内的许多企业以“维护健康长江、促进人水和谐”为基本宗旨，严格管控流域内的各种排污口，开展污染源综合整治。长江流域的水质改善，还需要重点保护好洞庭湖、鄱阳湖、巢湖、太湖和三峡水库、丹江口水库等重要湖泊水库。
长江生态环境保护是一项系统工程，涉及面广，必须打破行政区划界限和壁垒，有效利用市场机制，更好发挥政府作用，加强环境污染联防联控，推动建立地区间、上下游生态补偿机制，加快形成生态环境联防联治、流域管理统筹协调的区域协调发展新机制。
一是建立负面清单管理制度。按照全国主体功能区规划要求，建立生态环境硬约束机制，明确各地区环境容量，制订负面清单，强化日常监测和监管，严格落实党政领导干部生态环境损害责任追究问责制度。对不符合要求占用的岸线、河段、土地和布局的产业，必须无条件退出。
二是加强环境污染联防联控。建立河长制和湖长制，完善长江环境污染联防联控机制和预警应急体系，推行环境信息共享，建立健全跨部门、跨区域、跨流域突发环境事件应急响应机制。建立环评会商、联合执法、信息共享、预警应急的区域联动机制，研究建立生态修复、环境保护、绿色发展的指标体系。
三是完善长江生态保护补偿机制。通过生态补偿机制等方式，激发沿江省市保护生态环境的内在动力。依托重点生态功能区开展生态补偿示范区建设，实行分类分级的补偿政策。按照“谁受益、谁补偿”的原则，探索上中下游开发地区、受益地区与生态保护地区进行横向生态补偿。
四是开展生态文明先行示范区建设。全面贯彻大力推进生态文明建设要求，以制度建设为核心任务，以可复制可推广为基本要求，全面推动资源节约、环境保护和生态治理工作，探索人与自然和谐发展有效模式。