区域差异是普遍存在的。不同的区域都有或多或少的差异，如地理位置差异、自然条件差异、社会经济发展水平差异、文化习俗差异等。
区域差异是区域关联的基础。区域在发展过程中，都会直接或间接地与其他区域发生关联。区域关联主要是通过自然要素和人文要素的区域间流动实现的。河水从上游流向下游、野生动物的季节性迁徙，属于自然要素的区域间流动。人口迁移、产业转移、区际贸易、文化交流等，属于人文要素的区域间流动。
区域之间流动的要素种类及其方向、强度的变化，可以改变区域生产、生活方式，进而影响区域的发展方向。例如，在浙江省青田县，随着有机稻和渔产的市场需求增加，以及到青田体验农事活动的游客增多，青田农户的收入水平不断提高，有可能把青田进城务工的农民重新吸引回来，从而有利于稻鱼共生系统的延续。又如，北京市、天津市和河北省依据京津冀协同发展战略，强化各自的功能定位，各有侧重地推动要素流动，从而促进各自的进一步发展（图1.11）。
