根据自然保护区内主要保护对象的不同，我国自然保护区一般分为三大类别九个类型。其中，自然生态系统类保护区主要保护具有一定代表性、典型性和完整性的生物群落和非生物环境共同组成的生态系统。野生生物类保护区以野生生物物种，尤其是珍稀濒危物种种群及其自然生境为保护对象。自然遗迹类保护区主要保护具有特殊意义的地质遗迹和古生物遗迹。
按照保护区的性质来划分，自然保护区可以分为科研保护区、国家公园、管理区和资源管理保护区四类。根据自然保护区管理的级别不同，我国的自然保护区又分为国家级、省（自治区、直辖市）级、市（自治州）级和县（自治县、旗、县级市）级四级。
在国内外有典型意义、在科学上有重大影响或者有特殊科学研究价值的自然保护区，被列为国家级自然保护区。