一是区域分布不均衡。新疆、黑龙江、河南、云南、甘肃等5个省份耕地后备资源面积占全国近一半，而经济发展水乎较高的地区耕地后备资源稀缺甚至枯竭。
二是集中连片的耕地后备资源减少明显。大部分集中连片的耕地后备资源已经被开发为耕地、园地和林地等。
二是耕地后备资源大多零散破碎。全国零散耕地后备资源面积346.47万公顷，占后备资源总量的64.7%。耕地后备资源开发利用方式需要由大规模集中开发转向以综合整治为主。
四是耕地后备资源和l用受生态环境制约大。全国耕地后备资源中，荒草地占64.3%、盐域地占12.2%、内陆滩涂占8.7%、裸地占8.0%，这些土地类型在开发利用过程中受生态环境制约大，极易引起水土流失、土地沙化等严重后果。