加强流域内的合作，兼顾各国利益，合理开发利用水资源，保护环境，对于尼罗河流域国家摆脱贫困、加快经济发展、改善生态环境，具有十分重要的意义。
成立协作组织，统一规划管理
成立政府间的协作组织，对全流域水资源、生态环境和经济发展进行统一规划与管理，是流域内部协作开发的首要条件。早在1999年，尼罗河流域各国建立了政府间合作机构——尼罗河流域组织，其宗旨是在公正和可持续发展的前提下，合理开发利用尼罗河水资源，保护环境，促进经济发展。2001年尼罗河流域所有国家发起“尼罗河流域倡议行动”，旨在合作进行水源地管理，解决土地退化问题，并促成各国的脱贫与发展。
水资源的协调利用与合理分配
尼罗河流域国家通过一系列的合作，协调利用尼罗河的水资源。2011年，埃塞俄比亚、乌干达、坦桑尼亚等六国签署了旨在公平合理使用水资源的《尼罗河流域合作框架协议》。2015年，苏丹、埃及和埃塞俄比亚三国领导人在喀土穆共同签署合作宣言，同意在尼罗河水资源分配以及复兴大坝蓄水等问题上进行协商。此外，尼罗河流域各国通过区域水电开发与电力联网建设，加强区域电力贸易的合作。
环境的协作保护与统筹治理
面对水资源和环境的压力，尼罗河流域国家认识到各国在环境保护方面的共同利益，需要对生态环境进行协作保护与统筹治理。例如，位于尼罗河下游的埃及曾经援助上游的乌干达控制维多利亚湖蓝藻，此举也有利于埃及本国水生态环境的改善，上游水生态环境保护符合上下游国家的共同利益。